Как явствует из заключения Счетной палаты, обнародованного ее руководителем Татьяной Голиковой, в госпрограмме не указана система привлечения внебюджетных инвестиций. Кроме того, не ясно, за счет каких мероприятий произойдет рост объемов вводимого жилья на 17 млн кв. м с 2015 по 2017 год и еще на 7 млн кв. м до 2020 года.
Кроме того, отсутствует мера ответственности субъектов Федерации и юридических лиц за невыполнение условий финансирования программы. В документе нет механизма внедрения современных технологий, обязательного применения современных высокотехнологичных и энергоэффективных материалов, утверждения исчерпывающего перечня разрешительных документов на строительство. Не предусмотрена качественная, а также количественная оценка рисков реализации госпрограммы. Существуют и другие недостатки, которые, по мнению аудиторов Счетной палаты РФ, могут привести к срыву выполнения предусмотренных мероприятий по обеспечению доступным жильем граждан России.
Часть экспертов указывали на неприемлемость цены в 30 тысяч рублей за кв.м на жилье экономкласса, которое планируется строить в рамках программы. Сомнение вызывает сама возможность возвести качественное надежное жилье с такой рыночной стоимостью.